رهبر معظم انقلاب اسلامي در پيام تسليتي در پي درگذشت آيت الله مهدوي کني، بيان داشتند: اين عالم مجاهد و پارسا از نخستين مبارزان راه دشوار انقلاب و از وفاداران غيور و صادق امام بزرگوار بود و همه وزن وزين خود را در کفه حق و حقيقت نهاد.

متن پيام تسليت رهبر معظم انقلاب به اين شرح است:

بسم الله الرحمن الرحيم

با تأسف و تأثر اطلاع يافتيم که عالم مجاهد و پارسا حضرت آيت الله آقاي حاج شيخ محمّد رضا مهدوي‌کني رضوان الله عليه دار فاني را وداع گفته و دوستان و ارادتمندان خود را داغدار کرده است. اين عالم بزرگوار از جمله‌ي نخستين مبارزان راه دشوار انقلاب و از چهره‌هاي اثرگذار و ياران صميمي نظام جمهوري اسلامي و از وفاداران غيور و صادق امام بزرگوار بود و در همه‌ي عرصه‌هاي مهم کشور در دوران انقلاب شجاعانه و با صراحت تمام نقش‌آفريني کرد. از عضويت در شوراي انقلاب و سپس تشکيل کميته‌هاي انقلاب در آغاز تأسيس نظام اسلامي تا تصدي وزارت کشور و سپس قبول نخست وزيري در يکي از سخت‌ترين دورانهاي جمهوري اسلامي، و تا ورود در عرصه‌ي توليد علم و تربيت جوانان صالح و تأسيس دانشگاه امام صادق(ع) و تا امامت جمعه تهران و سرانجام رياست مجلس خبرگان، همه جا و همه وقت در موضع يک عالم ديني و يک سياستمدار صادق و يک انقلابي صريح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصي و انگيزه‌هاي جناحي و قبيله‌ئي را به حيطه‌ي فعاليتهاي گسترده و اثرگذار خود راه نداد.

اين انسان بزرگ و پرهيزگار، همه‌ي وزن وزين خود را در همه‌ي حوادث اين دهها سال در کفه‌ي حق و حقيقت نهاد و در دفاع از راه و سيره‌ي انقلاب و نظام، کوتاهي نورزيد. رحمت و رضوان الهي بر روان پاک او باد.

اينجانب به خاندان گرامي و برادر عاليقدر ايشان، و به مردم ايران و روحانيت عظيم الشأن و همه‌ي ارادتمندان و شاگردان و دست‌پروردگان آن مرحوم صميمانه تسليت ميگويم و علوّ درجات وي را از خداوند متعال مسألت مينمايم.

سيّد علي خامنه‌اي
29 مهر 1393