این دانشگاه در ابتدا با عنوان آموزشکده دامپروری ایلام از سال ۱۳۵۵ به عنوان تنها دانشکده مستقل دامپروری و شاخه ای از دانشگاه رازی کرمانشاه شروع به فعالیت نموده است. پس از انقلاب فرهنگی این آموزشکده به دانشکده کشاورزی تغییر می یابد. در سال ۱۳۷۱ با توجه به اهداف انقلاب اسلامی مبنی بر توسعه فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی مناطق محروم و به برکت سفر مقام معظم رهبری به استان ایلام این دانشکده از دانشگاه رازی مستقل و به دانشگاه ایلام ارتقاء یافت. در حال حاضر دانشگاه ایلام دارای 95 رشته تحصیلی در مقاطع کاردانی، کارشناسی ، کارشناسی ارشد و دکتری می باشد. هم اکنون بیش از 6000 دانشجو در مقاطع تحصیلی کاردانی، کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در این دانشگاه مشغول به تحصیل می باشند. اعضاء هیات علمی دانشگاه 177 نفر می باشند که از این تعداد 49 نفر مربی و 114 نفر استادیار و 15 نفر دانشیار هستند. کارکنان دانشگاه 426 نفرند که شامل 75 رسمی ، 181 نفر قرارداد معین  و 170  نفر تحت پوشش شرکت خدماتی می باشند.

دانشگاه ایلام در حال حاضر دارای 7 دانشکده می باشد که با مدیریت دکتر محمد  علی اکبری به فعالیت خود ادامه می دهد.