گروه مهندسي آب دانشگاه ايلام در مهر ماه سال 1389 شروع به فعاليت نمود و در دوره‌هاي کارشناسي (مهندسي آب) و کارشناسي ارشد (سازه‌هاي آبي) دانشجو مي‌پذيرد. اين گروه داراي 5 عضو هيأت علمي استاديار مي‌باشد که ضمن تدريس دروس مختلف رشته مهندسي آب به فعاليت‌هاي تحقيقاتي و علمي نيز اشتغال دارند. هدف از ايجاد اين رشته تربيت کارشناسان و مهندسان کارآمدي است که بتوانند در زمينه‌هاي مختلف طراحي، بهره‌برداري و نگهداري از سازه‌هاي مختلف آبي اعم از شبکه آبياري و زهکشي، سدها و همچنين برنامه‌ريزي، تحقيقات، طراحي و آموزش علوم مرتبط با رشته مهندسي آب خدمات شايسته‌اي ارائه نمايند. از اهداف ديگر اين گروه آموزشي ايجاد ارتباط با ادارات و سازمان‌هاي اجرايي نظير سازمان جهاد کشاورزي، شرکت آب منطقه‌اي، شرکت آب و فاضلاب شهري و روستايي استان ايلام است تا بتواند در حل مشکلات استان نيز مشارکت نمايد.

در کنار گروه مهندسي آب، گروه علوم و مهندسي خاک نيز ايجاد شده است. اين گروه در مقطع کارشناسي ارشد در دو گرايش بيولوژي خاک و پيدايش و رده‌بندي خاک دانشجو مي‌پذيرد. از اهداف وزارت جهاد کشاورزي رسيدن به کشاورزي پايدار در کشور است و خاک‌شناسي هم از پايه‌هاي اساسي کشاورزي پايدار مي‌باشد؛ بنابراين آموزش نيروهاي متخصص در اين رشته ضروري مي‌باشد. با تکيه بر امکانات و اساتيد مجرب در گروه و همکاري سازمان‌ها و ادارات اجرايي استان، حل مشکلات استان از جمله مهار پديده توفان گرد و خاک و شناسايي پتانسيل‌هاي خاکي از اولويت‌هاي گروه علوم و مهندسي خاک است.